Il fait nuit, il fait froid, il neige... Et c'est sous ce climat d'hiver que naît, dans la résidence Cobblepot, un rejeton tellement moche que ses parents l'abandonnent dans les égoûts le jour de Noël. Le berceau stoppe sa folle épopée devant les pingouins du zoo de la ville.

Trente-trois ans plus tard, il fait toujours nuit, il fait toujours froid, il neige encore et Noël approche. Les habitants de Gotham City font leurs achats dans les magasins et plus particulièrement dans ceux de Max Schreck (Christopher Walken), l'homme d'affaires le plus riche de la ville, totalement dévoué à sa cité. Ce dernier désire installer une centrale électrique mais le maire est contre cette initiative. Décidé pourtant à atteindre son but, Shreck menace ce dernier en évoquant sa révocation. Le principal intéressé répond pour sa défense que Shreck n'a aucun programme, aucune campagne électorale et surtout aucun candidat.

Alors que Shreck fait son discours aux habitants (en improvisant totalement car il a oublié son discours dans son bureau) et leur souhaite un joyeux Noël, une bande de clowns déboule sur la place publique et commence à semer la panique totale dans le but d'enlever Max Shreck. Le commissaire Gordon déclenche le Bat-Signal, un projecteur puissant qui dessine dans le ciel le logo de Batman. Dans son manoir retiré, Bruce Wayne (Michael Keaton) aperçoit l'appel et fonce à bord de son bolide, la Batmobile. Il redresse la situation en neutralisant quelques clowns et sauve quelques passants dont Selina Kyle (Michelle Pfeiffer), la secrétaire de Shreck, qui apportait justement à son patron le discours oublié. Les clowns sont en fuite, sans pour autant avoir réussi à accomplir leur but : enlever Max Shreck qui s'est échappé mais a la malchance de tomber dans un piège. Une trappe s'ouvre sous ses pieds et le voilà dans le zoo de la ville, là où résident les pingouins et où se trouve le repaire du commanditaire de l'attentat de la place publique, le Pingouin (Danny DeVito) et la troupe de cirque dont font parti les clowns. Le Pingouin demande à Shreck de le ramener à la surface, il ne veut plus vivre en se cachant à cause de son physique peu avantageux (il ressemble à un pingouin). Shreck refuse au début mais son adversaire possède les arguments pour le faire changer d'avis (et surtout pour le faire chanter...). Le marché est conclu : Shreck va aider le Pingouin à se réinsérer dans la société. Il retourne dans son bureau pour on ne sait quelle raison et tombe sur Selina Kyle, sa secrétaire, qui s'avère en savoir trop sur le projet de la centrale électrique, qui serait plus un inconvénient à la ville qu'un avantage. Le patron jette alors son employée par la fenêtre d'un haut gratte-ciel.

Selina tombe dans une ruelle, sa chute est amortie par la neige mais elle ne bouge plus. Arrive une chose étrange : des chats de gouttière recouvrent son corps, le lèchent, le griffent... La jeune femme se réveille et rentre dans son appartement miteux. Mais Miss Kyle n'est plus la même. Avant, elle était blasée, maintenant c'est un zombie. Avant elle nourrissait son chat, Miss Kitty, avec douceur. Là, elle jette carrément la bouteille de lait par terre. Elle se rend compte que sa vie n'est qu'une succession d'échecs, elle décide de changer et saccage son appartement et tout ce qui avait attrait avec l'ancienne Selina, une vieille fille qui vivait dans un conte de fées. Ce passage est la transition ultime pour Selina : elle oublie son statut de fillette et décide de devenir une femme. Elle en vient même à confectionner un costume de cuir et à se mettre des aiguilles au bout des doigts comme pour faire des griffes. Catwoman est née.

Entretemps, Shreck organise la remontée du Pingouin. Par un habile stratagème, la population entière pense que le Pingouin a sauvé le fils du maire d'un horrible clown. La créature devient la coqueluche des habitants : on l'interviewe, on l'adule, la renommée arrive enfin malgré un certain retard. Bruce Wayne voit d'un mauvais oeil la venue d'un autre monstre, ce que son majordome et ami Alfred considère comme de la jalousie de sa part. Quant à Shreck, un plan a germé dans son esprit : il tient le candidat idéal pour détrôner le maire actuel et faire construire la centrale. Le Pingouin désire savoir d'où il vient, qui sont ses parents et pourquoi ils l'ont abandonné. Il se rend aux archives de la ville et découvre ses origines : il s'appelle Oswald Cobblepot mais sa famille entière est décédée. Il vient se recueillir sur la tombe de son père et de sa mère et leur accorde un pardon très médiatisé par les journalistes de la télévision et de presse. Mais dans les bas-fonds de la ville, Catwoman rôde et commence à se faire connaître en sauvant une femme d'un petit malfrat voulant lui voler son sac.

Dans la même journée, Bruce Wayne a rendez-vous avec Max Shreck pour affaires. Les deux hommes sont plus adversaires que collaborateurs. L'entretien s'achève quand Shreck demande à Wayne de partir quand soudain surgit sa secrétaire qu'il croyait avoir tué. Selina est métamorphosée, Bruce est ébahie par cette femme directe et sûre d'elle, Max réussit à éloigner tout soupçon et masque l'absence de la jeune femme par un congé. Miss Kyle semble en effet avoir tout oublié de sa chute, mais ce n'est qu'en apparence car elle est en fait ivre de vengeance et tôt ou tard, son patron va payer son odieux forfait... Max Shreck va ensuite rendre visite à Oswald Cobblepot sans trop s'inquiéter du retour de sa secrétaire et le convainc de devenir candidat au poste de maire de la ville. La campagne, financée par le business-man, peut commencer. Mais pour organiser de nouvelles élections, il faut que la troupe du cirque recommence ses attentats car seule une population mécontente du maire actuelle pourra faire la demande expresse de désigner un nouveau dirigeant pour la cité.

Aussitôt dit, aussitôt fait, des clowns sèment la panique dans les rues, des restaurants explosent, des vitrines sont brisées, mais Batman veille et affronte les malfaiteurs. Dans la même soirée, Catwoman se ballade et va un peu saccager les magasins de Max Shreck pour passer le temps. Elle compte d'ailleurs faire exploser l'édifice en traficotant les micro-ondes. Batman, après avoir terrassé la troupe des vilains, tombe nez à nez avec le Pingouin. De suite, Catwoman apparaît sous les yeux ébahis des deux monstres. Son arrivée correspond à l'explosion des magasins. Profitant de la confusion, elle s'échappe en grimpant sur les toits. Le Pingouin part à sa poursuite grâce à un parapluie-hélicoptère mais en prenant toutefois la mauvaise route, Batman poursuit également cette jeune femme mystérieuse et tombe nez à nez avec cette dernière qui réussit, après un petit combat, à s'échapper en tombant dans un camion transportant de la litière pour chats. Batman, un peu fatigué et blessé par une griffe, reste rêveur quant à l'apparition de cette femme masquée toute habillée de cuir, magnant le filet comme une déesse...

Oswald Cobblepot devient l'homme le plus en vue de Gotham, les chances qu'il ne gagne pas les élections, finalement organisées, sont faibles. En rentrant chez lui, il tombe sur Catwoman qui l'attend sur le lit. Les deux méchants s'allient pour vaincre Batman.

Selina Kyle culpabilise légèrement de cette alliance et rencontre dans la rue Bruce Wayne qui lui proposer de venir passer la soirée dans son manoir pour regarder l'éclairement de l'arbre de Noël de la ville à la télévision. Le Pingouin s'active à concrétiser son plan : détruire Batman ; il enlève la Princesse des Glaces qui est censée allumer le sapin. Bruce et Selina discutent au coin du feu. Ca semble coller entre deux et ils s'embrassent passionément. Mais l'étreinte est stoppée car une information de dernière minute apparaît sur l'écran de la télé : on soupçonne Batman d'avoir enlevé la Princesse des Glaces. Bruce s'excuse auprès de Selina et s'empresse de se rendre sur place. De même, Selina se rend compte qu'elle doit partir également pour intercepter Batman. Les deux amants se retirent chacun de leurs côtés, enfilant mutuellement leurs masques, ignorant que l'un est l'autre, et que l'autre est l'un...

Batman arrive sur les lieux et contemple du haut d'un toit la population attroupée autour de l'arbre de la ville. Il aperçoit sur un autre toit la Princesse ligotée et baillonnée. Il fonce la détacher mais Catwoman surgit et re-enlève la pauvre victime qu'elle abandonne au bord du vide. Batman recommande à la femme de ne pas bouger, mais le Pingouin arrive et lance au pied de la Princesse un parapluie qui libère une nuée de chauves-souris qui la font tomber. Elle s'écrase sur l'interrupteur du sapin, libérant d'autres chauves-souris qui affolent la population. Le Pingouin s'enfuit au moment où des policiers arrivent sur le toit et tirent sur Batman qui tombe du bâtiment et atterrit sur une terrasse. Catwoman s'allonge sur son corps et compte bien l'achever après un dernier baiser sous le gui. Mais le héros rejette la méchante et s'échappe en parapente. Catwoman, furieuse de cet échec, contemple la population affolée d'une terrasse. Elle est vite rejointe par le Pingouin qui attend de la femme-chat une partie de jambes-en-l'air. Cette dernière refuse. Comprenant qu'il ne l'attirait en aucun point, il lui jette un parapluie qui la ligote et la fait s'envoler au-dessus de la ville. Elle réussit à se défaire mais elle tombe de haut. Sa chute est amortie par une serre placée sur un toit. De dépit, elle hurle et son cri résonne dans la nuit.

Batman retourne à son véhicule, trafiquée par la troupe du cirque, de façon à ce que le Pingouin puisse contrôler le bolide à loisirs. Il appuie sur le champignon, le piège se referme sur Batman, la voiture sème le chaos dans les rues et provoque de nombreux accidents. Les voitures de police sont à sa poursuite. Batman réussit cependant à neutraliser le système qui permet à son ennemi de contrôler le véhicule et peut regagner son repaire, malgré de sérieux dommages occasionnés à la Batmobile.

L'échec met en rage le Pingouin mais il doit faire bonne figure pour le discours qu'il s'apprête à prononcer à la population. Bruce Wayne a un dernier recours et sabote les hauts-parleurs qui retranscrivent ce que va dire Oswald Cobblepot. On entend ce dernier proférer des insultes à l'égard des habitants. Ces derniers ne voteront pas Cobblepot devant un discours si vulgaire et lui jettent des tomates pourries. Max Shreck abandonne son candidat, son plan tombe à l'eau. Le Pingouin est rejeté de tous, il s'échappe par les égoûts et retrouve la troupe du cirque et ses enfants, les pingouins du zoo. Il élabore un plan pour se venger des gens de Gotham City en supprimant tous leurs enfants.

Max Shreck se remet de son affront et organise une soirée déguisée où Bruce Wayne et Selina Kyle sont conviées. Bizarrement, les deux amants sont les seuls à ne pas avoir de costumes. Au cours d'une danse où Bruce dissuade Selina de tuer Max, ils comprennent que leurs masques font d'eux ce qu'ils sont, autrement dit : Bruce Wayne et Selina Kyle se démasquent mutuellement, notamment à cause du baiser sous le gui qui rappelle celui échangé sur une terrasse. Soudain, une explosion a lieu et le Pingouin vient enlever Chip Shreck, le fils de Max. Ce dernier se propose de prendre sa place, pour sauver son rejeton sur qui il compte pour perpétrer l'empire financier familial. Bruce Wayne se retire et Batman arrête la trouve du cirque qui avait déjà commencé à enlever les enfants de la ville. Le Pingouin, apprenant que son plan est à l'eau, déploie ses armées de pingouins, qui, armés de fusées, vont faire sauter la ville. Batman brouille cependant les ondes radios des casques des pingouins et les oiseaux rentrent au zoo. Devant les échecs qui se succèdent, le Pingouin perd tous ses alliés dont ses enfants et la troupe du cirque. Il tente de s'échapper, laissant Max Shreck enfermé dans une cage, à bord d'une voiture en forme de canard et tombe sur Batman qui déboule en Bat-Boat, un bateau sous-marin très rapide. Il se rend compte que l'homme chauve-souris possède la télécommande pour que les pingouins accomplissent leur mission. Il la soutire à son ennemi et appuie sur le bouton. Les fusées sont alors lancées mais sur le zoo!! Tout commence à exploser dans le parc à animaux, le pingouin tombe dans la fosse aux pingouins et ne ressort pas de l'eau.

Pendant ce temps, Max Shreck réussit à s'extirper de sa cage et à trouver un pistolet mais Catwoman l'empêche de s'en aller. Elle s'apprête à le tuer quand Batman arrive pour sauver l'homme d'affaires. Il enlève son masque devant elle pour la convaincre de laisser tomber son sombre dessein. Max Shreck reconnaît alors en Batman Bruce Wayne et en Catwoman Selina Kyle. Il saisit l'occasion pour dégainer son arme et tirer sur Bruce. Selina s'approche de lui dangereusement, il vide son chargeur sur elle, en vain. La jeune femme prétexte qu'elle a neuf vies comme les chats. Elle peut atteindre son agresseur, elle l'embrasse après lui avoir mis dans la bouche un paralyseur électrique. Une explosion emporte les deux personnes. Bruce se relève et commence à fouiller les décombres. Il retrouve le cadavre de Shreck mais aucune trace de Selina. Sort de l'eau le Pingouin qui tente d'achever Batman avec un parapluie mais il est épuisé et complètement déshydraté. Il expire et tombe raide mort sur le sol. Des pingouins viennent rendre hommage à leur frère décédé en le poussant dans l'eau. Le Pingouin et Max Shreck sont morts. On ignore le sort de Catwoman... Bruce croit d'ailleurs l'apercevoir à un angle de rue quand il rentre dans son repaire... Mais il ne trouve que Miss Kitty, le chat de Selina, qu'il recueille.

Catwoman, alias Selina Kyle, est-elle morte ? Après tout, sur ses neuf vies, il lui en restait encore une...

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